در سال ۱۳۹۳ همزمان با اتمام ساخت و تکمیل مراکر فرهنگی ورزشی و توانبخشی در برخی از استانها و ضرورت واگذاری مدیریت این مراکز به یکی از واحدهای تابعه، بر اساس نظر شورای معاونین بنیاد و دستور ریاست عالی بنیاد شهید و امورایثارگران مقرر گردید، از ابتدای بهمن ماه ۱۳۹۳ بهره­‎برداری از مراکز فوق پس از افتتاح به عهده موسسه ایثار واگذار شود که با الحاق این مراکز به موسسه ایثار موسسه جدیدی تحت عنوان «موسسه فرهنگی ورزشی و توانبخشی ایثار» تشکیل گردید.

موسسه فرهنگی، ورزشی و توانبخشی ایثار استان بوشهر در اسفند ۱۳۹۵ بدست ریاست عالی بنیاد شهید و امور ایثارگران افتتاح و به بهره برداری رسید. که از همان ابتدا شروع به خدمت رسانی به بیماران کرد. و پس از آن در اردیبهشت ماه سال ۱۳۹۶ به موسسه فرهنگی، ورزشی و توانبخشی ایثار واگذار گردید.